Принц Таміно, полюючи, заблукав у горах. Його наздоганяє страшний змій. Юнак волає про допомогу і, знесилений, падає непритомний. Три Дами  приходять йому на допомогу й убивають змія. Вони захоплені красою юнака. Кожна бажає залишитися біля нього, але їх обов’язок – повідомити про все володарку, Царицю ночі.  Вони зникають .

Прокинувшись, принц бачить птахолова Папаґено, який робить вигляд, що змія переміг саме він. З`являються Три Дами, обурені вихваляннями Папаґено і карають птахолова, повісивши на його рот замок. Пані вручають Таміно медальйон із портретом Паміни, дочки Цариці ночі. Таміно закохується в портрет. Зі слів Цариці ночі, дівчину викрав злий чарівник Зарастро. Принц вирішує врятувати Паміну. У допомозі йому стане чарівна флейта, яку передають йому Дами як дарунок від їх володарки. Папаґено отримує чарівні дзвіночки і повинен, за велінням Цариці, допомагати принцові, а троє чарівних Хлопчиків покажуть дорогу до володінь Зарастро.

Мавр Моностатос, призначений охороняти Паміну в палаці Зарастро, став домагатися її. Паміна намагається втекти, але безуспішно. Несподівано з`являється  Папаґено . Птахолов і мавр лякаються один одного. Мавр тікає. Папаґено розповідає Паміні, що його прислала її мати і що в неї закохався принц Таміно, який бачив її портрет. Дівчина погоджується тікати з Папаґено.

Таміно біля входу до храму «Знання». Увійшовши, він зустрічає жерця, який роз’яснює юнакові справжню причину і суть дій Зарастро: доброта, мудрість і благородство – основа його могутності. Саме ці риси  притаманні  Паміні й саме тому її місце  у царстві не Темряви, а Світла.  Таміно починає грати на флейті і чує відповідь дзвіночків:  Папаґено і Паміна десь неподалік і поспішають йому назустріч. Останньої миті мавр із рабами-слугами наздоганяють утікачів. Єдиний шанс на порятунок – чарівні дзвіночки. Їхні звуки позбавляють напасників агресії і злості. Моностатос із рабами, безтурботно співаючи і пританцьовуючи, ідуть геть.

Велично й урочисто з`являється Зарастро. Паміна признається про свою втечу і кається за неї, однак також розповідає про домагання Моностатоса. Приводять упійманого Таміно. Моностатос вихваляється своєю відданістю. Зарастро за своє лукавство отримує не нагороду, а покарання. Усі присутні прославляють справедливість і мудрість Зарастро.  Він же оголошує, що прибульці мають пройти очищення через випробовування.  Лише тоді вони отримають те, чого бажають.

Зарастро відкриває жерцям, що Таміно посланий стати захисником Храму Мудрості від посягань Цариці ночі. У разі, якщо він гідно витримає всі випробування, то приєднається до когорти Посвячених у Храмі Мудрості, а Паміна стане його дружиною.  Перше випробування – стійкість перед жіночими звабами, витримка і дотримання обітниці мовчання. З`являються Три дами, які намагаються перешкодити Таміно і Папаґено витримати перше випробування. Завдяки зусиллям Таміно, їх затія не має успіху.

У саду Моностатос підкрадається до сплячої Паміни, виказуючи своє палке бажання її поцілувати. З`являється Цариця Ночі. Вона проганяє Моностатоса і , висловлюючи свою ненависть до Зарастро, ставить перед дочкою ультиматум: убити Зарастро, щоб заволодіти всемогутнім талісманом – сонячним диском, подарованим Зарастро її покійним чоловіком. Паміна в розпачі, а Моностатос, усе підслухавши, погрожує шантажем  Паміні та її матері. Його домагання і погрози перериває Зарастро. Моностатос тікає.

Перебуваючи у дворі Храму, Папаґено на відміну від Таміно, не може дотриматися клятви мовчання. Найбільше його бажання – келих вина, який тут же подає йому стара, не надто приваблива пані. Назвавши себе його подругою, вона зникає, а переляканий Папаґено клянеться надалі мовчати.

На звуки флейти Таміно приходить Паміна. Таміно, дотримуючись клятви, не відповідає на її запитання і докори. Паміна у великому розпачі відходить. У Храмі жерці вітають Таміно з успішним подоланням випробування. Зарастро дає можливість закоханим попрощатися – перед останнім випробуванням Таміно.  Папаґено не витримав випробувань. Він ніколи не дістанеться до Храму Світла і когорти Посвячених. Це його, зрештою,  мало хвилює, бо його бажання обмежуються питвом, їжею та жінкою. Жерці йому прощають. Знову з`являється стара, яка під загрозою смерті вимагає від Папаґено клятви про подружню вірність. Почувши згоду від Папаґено, стара перетворюється на молоду спокусливу молодицю і… миттєво зникає:  Папаґено, за рішенням жерців, ще  не вартий такої винагороди.

Паміна у розпачі і на межі самогубства. Троє Хлопчиків утримують її від такого кроку, переконуючи, що Таміно й надалі кохає її. Тим часом Таміно готовий до третього,  останнього випробування. З`являється Паміна. Вона прагне йти на випробування разом із Таміно. Під звуки Чарівної Флейти молода пара успішно проходить крізь вогонь і воду. Це тріумф їхньої віри, витримки й мужності.

Тим часом Папаґено, розчарований своїм власним безсиллям і втратою Папаґени, хоче попрощатися з життям. Останньої миті надходять чарівні хлопчики  й нагадують йому про чарівні дзвіночки . З`являється приваблива й бажана Папаґена. У повній гармонії пара мріє про свою майбутню велику родину.

Моностатос таємно приводить Царицю ночі з Трьома Дамами у Храм Зарастро. Змовники мріють про свій останній шанс – убити Зарастро і знищити Храм Світла. Вдаряє блискавка, лунає грім. Сили темряви щезають. Сходить сонце. Зарастро, жерці й  усі люди вітають світло, розум і любов, що відтепер запанують у світі.